L’assemblée plénière du CoTRIM est composée de trois collèges comprenant chacun 12 membres :
Les membres des deux premiers collèges sont désignés par les fédérations hospitalières, avec une représentativité inscrite dans la convention constitutive du CoTRIM. Celle-ci a été approuvée en assemblée plénière du CoTRIM le 18 octobre 2007, puis révisée en septembre 2010 pour adaptation suite à la création des agences régionales de santé.
Le président du CoTRIM est un médecin DIM élu par les membres des collèges des médecins DIM et des directeurs. Le vice-président est désigné par le directeur général de l’agence régionale de santé parmi les membres du collège des représentants ARS et assurance maladie.
La composition du CoTRIM fait l’objet d’une décision ARS portant composition du CoTRIM Alsace, mise à jour dès que nécessaire.