Le contrôle sanitaire de la qualité de l’eau destinée à la consommation humaine est encadré par les articles L. 1321-1 à L. 1321-10 et R. 1321-1 à R. 1321-63 du code de la santé publique. Ce contrôle se traduit par la réalisation de prélèvements et d’analyses d’eau en différents points du réseau potable, à savoir aux captages d’eau potable, aux réservoirs, aux stations de traitement et aux robinets des consommateurs. Il concerne l’ensemble des réseaux publics de distribution mais également les réseaux alimentés par des puits privés qui desservent des établissements accueillant du public (entreprises, restaurants…).

Les analyses réalisées comprennent la recherche d’éléments physico-chimiques et bactériologiques classiques ainsi que la détermination de polluants tels les pesticides, les composés organiques volatils ou les métaux lourds. Les prélèvements et les analyses du contrôle sanitaire sont réalisés par un laboratoire agréé, désigné par le préfet dans le cadre d’un marché public. Certains résultats en distribution sont consultables en ligne.

La conformité de l’eau est établie en comparant les résultats des analyses de l’eau à des limites et références de qualité fixée par l’arrêté du 11 janvier 2007 relatif aux limites et références de qualité des eaux brutes et des eaux destinées à la consommation humaine. La note sur la qualité de l'eau distribuée dans chaque commune concerne les nitrates, les chlorures, les fluorures, la dureté de l'eau, la bactériologie et les substances indésirables, toxiques, pesticides, solvant. Elle est par ailleurs jointe à la facture d'eau. Un bilan de la qualité de l’eau en Alsace est réalisé tous les 3 ans.

Les captages d’eau potable sont autorisés et sont déclarés d’utilité publique par le préfet. Ils sont protégés contre les risques de pollution accidentelle par des périmètres de protection dont la mise en place est demandée par le code de la santé publique. La déclaration d'utilité publique fixe des contraintes d’aménagement plus ou moins fortes à l’intérieur des périmètres de protection.

La qualité de l'eau captée ou pompée dans un puits ou une source privée peut être obérée si les précautions d'entretien ne sont pas rigoureusement suivies.